Das McCloy-Programm gibt es seit 1983. Es finanzierte nicht nur das Studium an der Harvard Kennedy School. Damals gab es der Kennedy School unter Dean Graham Allison sogar Anlass, das zweijährige Master of Public Administration-Programm zu einzurichten.
Die Idee zum Programm hatte wahrscheinlich Shepard Stone, der damalige Direktor des Aspen-Instituts in Berlin. Er war Mitglied des Council on Foreign Relations und war zuvor während des Zweiten Weltkriegs Pressesprecher John McCloys und Editor der Sunday New York Times gewesen. Der langjährige Betreuer des Programms Jim Cooney (links im Bild) war damals zunächst Doktorand am MIT und dann Stellvertreter Stones in Berlin. Man warb mit Hilfe von Graham Allison und dem Harvard-Präsidenten Derek Bok 1981-82 um Sponsoren, die vor allem durch ein erlesenes deutsch-amerikanisches Ehrenkomitee herangezogen werden sollten.
Zu dem 1983 aufgerufenen Honorary Committee gehörten u.a. Henry Kissinger, Gerald Ford, David Rockefeller, Mrs. Anne Getty, Edgar Bronfman, Helmut Schmidt, Arthur Burns, Berndt von Staden und natürlich John McCloy selbst. Vorsitzender war Guido Goldmann (rechts im Bild). Executive Director war Jim Cooney. Man gewann zunächst die Stiftung Volkswagenwerk für eine fünfjährige Finanzierung, dann für eine Weiterfinanzierung bis 1992. In das Komitee kamen Kurt Biedenkopf, Carl Hahn und Werner Remmers dazu.
Die Initiatoren beschlossen, bis 1992 ein Endowment in den USA von 5-8 Millionen Dollar zu sammeln, um das Programm dauerhaft zu finanzieren. Die amerikanische Seite sollte die Studiengebühren, die deutsche die Unterhaltsstipendien finanzieren.
Auf der amerikanischen Seite wurde daraufhin mit Hilfe der amerikanischen Thyssen-Tochter Bud Co., aber vermutlich auch anderer US-Gesellschaften wie Anheuser-Busch (jedoch nicht der Chase Bank oder den alten McCloy-Kanzleien) das Harvard McCloy Endowment von 5 Millionen Dollar geschaffen.
Die genaue Geschichte auf deutscher Seite wird noch erforscht. In jedem Fall kam es rechtzeitig 1993 zu einer sehr eleganten Lösung, an der Jim Cooney wesentlich beteiligt war und die auch die Deutsche Bank und Daimler Benz einbezog. Die Studienstiftung des deutschen Volkes warf ihr Gewicht in die Waagschale und Veit Pöpping, ein Beamter im Wirtschaftsministerium, tat das Seine. Per Empfehlung des Außenausschusses beschloss der Deutsche Bundestag, Mittel aus dem ERP-Sondervermögen beim Bundeswirtschaftsministerium für das Programm freizugeben.
Das ERP-Sondervermögen besteht aus Rückflussmitteln des Marshallplans (der 1947 an der Harvard University angekündigt worden war). Die Bundesrepublik hatte 1975 formal ihre Marshall-Plan-Schulden an die USA zurückgezahlt. Weiterhin rief sie den German Marshall Fund of the United States ins Leben, von dem das Center for European Studies in Harvard wiederum ein Spinoff ist. Das heutige ERP-Programm ist ein noch immer aktives Mittelstandsförderungsprogramm des Bundeswirtschaftsministeriums und erhält seine Einnahmen in Euro aus den Darlehensrückzahlungen der deutschen Kleinbetriebe.
Der Stifterverband für die Deutsche Wissenschaft, der von Bund, Ländern und der Privatwirtschaft gebildete Dachverband wissenschaftlicher Stiftungen, trugen zum deutschen Stiftungskapital bei. Daimler-Benz, Deutsche Bank, Boston Consulting Group, McKinsey und weitere deutsche Firmen gaben weitere Zuschüsse. Drei neue Stipendien konnten 1997 akquiriert werden, für die Boston Consulting Group und Deutsche Morgan Grenfell verantwortlich zeichnen.
Mit der Auflösung der Deutsche Morgan Grenfell durch die Deutsche Bank im Jahr 1998 fiel ein wichtiger Sponsor des Programms aus. Die dadurch entstandene Finanzierungslücke konnte durch die Kurt-Fordan-Stiftung, welche die ständige Finanzierung eines Platzes übernommen hat, sowie mittels erhöhter Beiträge der anderen Beteiligten teilweise geschlossen werden. Seit 2000 sind damit sieben Plätze dauerhaft gesichert.
Wer mehr zum McCloy-Programm und seiner Geschichte wissen will, der greife zu „Transatlantik", einem Buch, das von den beiden McCloys Sebastian Lorenz und Marcel Machill herausgegeben wurde. Hier kommen nicht nur zahlreiche Ehemalige zu Wort, sondern auch geistige Väter des Programms wie Helmut Schmidt, Kurt Biedenkopf, Werner Weidenfeld und viele andere.